Die Griechische Landschildkröte wird in zwei Unterarten unterteilt. In die östliche und größere Art Testudo hermanni boettgeri und die kleinere (den nominotypischen Taxon) aus dem Westen: Testudo hermanni hermanni.

Die häufig erwähnte Testudo hermanni hercegovinensis wird, auf Grund zu geringer genetischer Differenz, von der Wissenschaft nicht als eigenständige Unterart anerkannt, sondern lediglich als lokale Variation von Testudo hermanni boettgeri gelistet.